Penodir y Comisiynwyr gan Ei Mawrhydi y Frenhines ar sail cyngor Llywodraeth Cymru ac Ysgrifennydd Gwladol Cymru o dan Warant Frenhinol a adnewyddwyd ddiwethaf yn 2000.
Hwy sydd â’r gorolwg gweithredol dros waith y Comisiwn Brenhinol. Gyda’i gilydd, mae gan y naw Comisiynydd (gan gynnwys eu Cadeirydd) brofiad helaeth yn yr amrywiol feysydd a gaiff sylw staff y Comisiwn Brenhinol, ac fe gynigiant arweiniad a chymorth arbenigol i’r staff hynny. Ymhlith eu meysydd arbenigol fel unigolion mae archaeoleg, hanes, rheoli archifau, technoleg gwybodaeth, ymgysylltu â’r cyhoedd, addysgu’r cyhoedd a gweinyddiaeth gyhoeddus. Rhoddant eu hysgolheictod a’u harbenigedd at wasanaeth staff y Comisiwn mewn pwyllgorau, yn anffurfiol, ac mewn dau gyfarfod llawn bob blwyddyn. Maent hefyd yn ddolen gyswllt bwysig â byd addysg, byd ysgolheictod a byd y llywodraeth, yn ogystal â’r cyhoedd yn gyffredinol.